Prema podrijetlu i kemijskim svojstvima razlikuju se organski i anorganski pigmenti.
Izvor: Organski pigmenti ekstrahiraju se ili sintetiziraju iz životinja, biljaka, minerala ili umjetno sintetiziranih organskih spojeva. Anorganski pigmenti ekstrahiraju se ili sintetiziraju iz ruda, minerala ili sintetskih anorganskih spojeva.
Kemijska svojstva: Molekule organskih pigmenata obično se sastoje od složenih struktura koje sadrže ugljik, a njihovu boju određuje kemijska struktura organskog spoja. Molekule anorganskih pigmenata obično se sastoje od anorganskih elemenata, a njihovu boju određuju svojstva i struktura elemenata.
Stabilnost: Anorganski pigmenti općenito su stabilniji od organskih pigmenata i otporniji su na svjetlost, kiseline, lužine i toplinu. Organski pigmenti mogu se razgraditi ili promijeniti boju pod određenim uvjetima. Raspon boja: Zbog razlika u njihovoj kemijskoj strukturi, organski pigmenti općenito imaju širi raspon boja, što omogućuje živopisnije boje. Anorganski pigmenti imaju relativno uzak raspon boja. Područja primjene: Organski pigmenti prikladni su za boje, boje, plastiku, papir i druga područja. Anorganski pigmenti naširoko se koriste u keramici, staklu, pigmentima, premazima i drugim područjima.

Treba napomenuti da i organski i anorganski pigmenti imaju svoje prednosti i karakteristike, a izbor pigmenta koji će se koristiti ovisi o specifičnim potrebama primjene i željenom učinku.